Hướng dẫn cách xử lý khi xuất trùng hóa đơn điện tử từ ngày 1/6

Từ ngày 1/6, các quy định về quản lý và xử lý hóa đơn điện tử tiếp tục được siết chặt, đòi hỏi doanh nghiệp phải đặc biệt cẩn trọng trong quá trình lập và phát hành hóa đơn. Tham khảo ngay hướng dẫn cách xử lý khi xuất trùng hóa đơn điện tử từ ngày 1/6 mà Nhanh.vn chia sẻ trong bài viết này nhé.

1. Xuất trùng hóa đơn điện tử là gì?

Xuất trùng hóa đơn điện tử là tình trạng doanh nghiệp phát hành từ hai hóa đơn trở lên cho cùng một giao dịch bán hàng hoặc cung cấp dịch vụ, cùng thông tin người mua và cùng mã số thuế, trong khi thực tế chỉ phát sinh một giao dịch duy nhất. Các hóa đơn này có thể khác số hóa đơn, thời điểm phát hành nhưng lại phản ánh cùng một nội dung kinh tế.

Tình trạng xuất trùng hóa đơn điện tử gây ra nhiều hệ lụy trong công tác quản lý kế toán tài chính. Doanh nghiệp ghi nhận doanh thu bị trùng, dẫn đến sai lệch sổ sách kế toán, kê khai thuế không chính xác, làm tăng rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính. Ngoài ra, việc phát sinh hóa đơn trùng còn ảnh hưởng trực tiếp đến uy tín doanh nghiệp, đặc biệt trong quá trình đối soát với khách hàng, đối tác hoặc khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra.

Mặc dù hóa đơn điện tử được thiết kế với nhiều cơ chế kiểm soát và tự động hóa, nhưng trên thực tế vẫn có khả năng xảy ra xuất trùng hóa đơn. Nguyên nhân phổ biến nhất thường do lỗi thao tác của người sử dụng, ví dụ như nhấn phát hành hóa đơn nhiều lần, không kiểm tra trạng thái hóa đơn đã được cấp mã hay chưa. Mất kết nối internet, lỗi phần mềm, hệ thống bị treo hoặc phản hồi chậm cũng có thể khiến người dùng tưởng rằng hóa đơn chưa được phát hành và tiến hành xuất lại, dẫn đến trùng hóa đơn.

Trong các ngành có tần suất xuất hóa đơn cao như nhà hàng, dịch vụ ăn uống, việc xuất trùng hóa đơn điện tử dễ xảy ra hơn do thao tác nhanh, liên tục và phụ thuộc nhiều vào phần mềm bán hàng hoặc hệ thống máy tính tiền. Nếu không kiểm soát tốt, tình trạng này không chỉ gây khó khăn cho khâu kế toán mà còn ảnh hưởng đến việc quyết toán thuế của nhà hàng.

Để hạn chế tối đa rủi ro xuất trùng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp nên chủ động áp dụng một số giải pháp sau:

• Dùng hệ thống hóa đơn điện tử uy tín, ổn định: Ưu tiên các nhà cung cấp có kinh nghiệm, hệ thống vận hành tốt, có chức năng cảnh báo, kiểm tra trạng thái hóa đơn và hạn chế việc phát hành trùng lặp.
• Thiết lập quy trình kiểm tra trước khi phát hành hóa đơn: Kế toán hoặc nhân viên phụ trách cần kiểm tra kỹ thông tin giao dịch, trạng thái hóa đơn, đồng thời tận dụng các tính năng xem lịch sử phát hành để tránh thao tác nhầm.
• Xử lý kịp thời khi phát hiện hóa đơn bị xuất trùng: Ngay khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần nhanh chóng liên hệ với đơn vị cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử hoặc thực hiện điều chỉnh, hủy hoặc thay thế hóa đơn theo quy định của pháp luật thuế, tránh để kéo dài gây phát sinh rủi ro về sau.

Hiểu rõ các trường hợp và nguyên nhân xuất trùng hóa đơn điện tử sẽ giúp doanh nghiệp chủ động phòng tránh, đồng thời xử lý đúng cách khi sự cố xảy ra, đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật và duy trì hoạt động kinh doanh ổn định.

Xem thêm: Xuất hóa đơn cho cá nhân: Quy định và cách thực hiện đúng chuẩn

2. Hướng dẫn xử lý khi xuất trùng hóa đơn điện tử từ 1/6/2025

Xuất trùng hóa đơn điện tử được hiểu là trường hợp doanh nghiệp phát hành từ hai hóa đơn điện tử trở lên có nội dung giống nhau cho cùng một giao dịch. Khi phát hiện tình trạng này, nguyên tắc xử lý bắt buộc là chỉ được giữ lại duy nhất 01 hóa đơn hợp lệ, các hóa đơn còn lại phải được xử lý hủy theo đúng quy định của pháp luật về hóa đơn.

Tuy nhiên, từ 1/6/2025, theo quy định mới tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung Nghị định 123/2020), cách xử lý hóa đơn điện tử có sai sót đã có sự thay đổi đáng chú ý. Theo đó, trường hợp hóa đơn đã được lập và gửi cho người mua thì KHÔNG ĐƯỢC PHÉP HỦY như quy định trước đây. Doanh nghiệp và hộ kinh doanh phải điều chỉnh lại quy trình xử lý sai sót để tránh rủi ro về thuế.

Trong trường hợp xuất trùng hóa đơn điện tử (một giao dịch nhưng phát sinh từ 02 hóa đơn trở lên), việc xử lý kể từ ngày 01/6/2025 cần tuân thủ theo nguyên tắc:

Nguyên tắc xử lý xuất trùng hóa đơn điện tử: 

• Không thực hiện hủy hóa đơn: Doanh nghiệp không được sử dụng chức năng “hủy” hóa đơn trên hệ thống đối với các hóa đơn đã lập và đã gửi cho người mua, kể cả khi phát hiện bị trùng thông tin.
• Giữ lại một hóa đơn hợp lệ: Doanh nghiệp cần kiểm tra rà soát và lựa chọn 01 hóa đơn đúng, đầy đủ thông tin (đúng nghiệp vụ, đúng thời điểm, đúng giá trị) để tiếp tục sử dụng làm căn cứ kê khai và hạch toán thuế.
• Xử lý các hóa đơn bị trùng bằng hình thức điều chỉnh: Đối với các hóa đơn điện tử xuất trùng còn lại, doanh nghiệp phải lập hóa đơn điều chỉnh giảm. Trong đó, điều chỉnh toàn bộ giá trị hàng hóa, dịch vụ, thuế về bằng 0. Các hóa đơn điều chỉnh là căn cứ pháp lý để làm rõ sai sót và đảm bảo dữ liệu kê khai thuế doanh nghiệp chính xác.

Cách tiếp cận mới này yêu cầu người nộp thuế phải cẩn trọng hơn trong quá trình lập và quản lý hóa đơn điện tử. Hộ kinh doanh và doanh nghiệp phải cập nhật quy định để xử lý đúng khi phát sinh sai sót, tránh bị xử phạt hành chính hoặc ảnh hưởng đến việc kê khai thuế.

Quy trình xử lý theo hướng điều chỉnh hóa đơn điện tử: 

Bước 1: Trao đổi và thống nhất với người mua

Ngay khi phát hiện hóa đơn bị xuất trùng, người bán cần chủ động liên hệ với bên mua hàng hóa dịch vụ để thông báo nguyên nhân phát sinh sai sót. Hai bên thống nhất phương án xử lý là lập hóa đơn điều chỉnh giảm cho các hóa đơn bị trùng, tránh trường hợp người mua đã kê khai thuế nhưng không nắm được thông tin điều chỉnh sau này.

Bước 2: Thông báo với cơ quan thuế

Người bán lập Mẫu số 04/SS-HĐĐT (Phụ lục IA ban hành kèm Nghị định 123/2020/NĐ-CP) để thông báo các hóa đơn điện tử bị xuất trùng. Mẫu thông báo này gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương nhằm ghi nhận việc xử lý sai sót hóa đơn theo quy định.

Lưu ý quan trọng: Thời hạn gửi thông báo chậm nhất là ngày cuối cùng của kỳ kê khai thuế GTGT phát sinh hóa đơn điều chỉnh. Nếu doanh nghiệp gửi chậm, cơ quan thuế sẽ nhắc nhở hoặc xử phạt hành chính.

Bước 3: Lập hóa đơn điều chỉnh giảm

Trên phần mềm hóa đơn điện tử, người bán sử dụng chức năng “Lập hóa đơn điều chỉnh”.

Nội dung trên hóa đơn cần thể hiện rõ ràng lý do điều chỉnh, có ghi thông tin: “Điều chỉnh giảm toàn bộ giá trị cho hóa đơn số…, ký hiệu…, ngày… do xuất trùng hóa đơn”.

Toàn bộ các chỉ tiêu về giá trị hàng hóa, tiền thuế, thuế suất được thể hiện dưới dạng âm (-) hoặc ghi chú rõ là điều chỉnh giảm về 0, nhằm triệt tiêu giá trị của hóa đơn bị trùng.

Bước 4: Ký số và gửi hóa đơn điều chỉnh cho người mua

Sau khi lập hóa đơn điều chỉnh giảm, người bán tiến hành ký số hóa đơn điều chỉnh và gửi cho người mua để hai bên cùng kê khai, lưu trữ và đối chiếu khi cần thiết. Hóa đơn điều chỉnh là căn cứ pháp lý quan trọng để giải trình với cơ quan thuế trong trường hợp kiểm tra, thanh tra sau này.

Cách xử lý khi hủy hóa đơn điện tử xuất trùng đã kê khai thuế

Trường hợp hóa đơn điện tử bị xuất trùng đã được kê khai thuế, doanh nghiệp cần thực hiện bước điều chỉnh về thuế theo quy định tại Khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020:

• Người nộp thuế thực hiện tờ khai thuế GTGT bổ sung tại kỳ tính thuế (tháng/quý) phát sinh sai sót
• Sau đó, thực hiện điều chỉnh tăng thuế GTGT được khấu trừ tại chỉ tiêu [38] trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại.

Việc kê khai bổ sung và điều chỉnh kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về truy thu thuế, tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính.

Để xử lý hóa đơn điện tử xuất trùng đúng quy định từ ngày 1/6, doanh nghiệp cần một hệ thống hỗ trợ phân loại sai sót và thực hiện điều chỉnh chính xác. Phần mềm Hóa đơn điện tử Nhanh.vn hỗ trợ bạn:

• Phát hiện và hạn chế tình trạng xuất trùng hóa đơn
• Hỗ trợ điều chỉnh, thay thế hoặc hủy hóa đơn đúng quy định
• Theo dõi trạng thái xử lý với Cơ quan Thuế rõ ràng

3. Các trường hợp được phép hủy hóa đơn điện tử 

Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp nhầm lẫn giữa “hủy hóa đơn điện tử” và “xử lý hóa đơn điện tử có sai sót”. Theo quy định pháp luật hiện hành, không phải mọi hóa đơn điện tử đều được phép hủy. Việc hủy hóa đơn chỉ được áp dụng trong những trường hợp nhất định, chủ yếu đối với hóa đơn chưa sử dụng (hết giá trị sử dụng) hoặc chưa phát sinh giao dịch thực tế.

Trường hợp 1: Hủy hóa đơn điện tử chưa sử dụng, không tiếp tục dùng

Đây là trường hợp phổ biến nhất và được quy định tại khoản 1 Điều 27 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Hóa đơn điện tử được phép hủy khi:

• Doanh nghiệp thay đổi phương thức sử dụng hóa đơn (từ hóa đơn điện tử có mã sang không có mã hoặc ngược lại)
• Doanh nghiệp thay đổi nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử
• Thay đổi thông tin pháp lý nên không còn tiếp tục sử dụng thông tin hóa đơn cũ
• Các hóa đơn này chưa được lập, chưa phát hành và chưa gửi cho người mua

Lưu ý: Chỉ được hủy hóa đơn trong trường hợp hóa đơn chưa gửi cho người mua. Nếu hóa đơn đã gửi cho người mua thì không áp dụng hình thức hủy mà phải xử lý điều chỉnh hoặc thay thế.

Trường hợp 2: Hủy hóa đơn điện tử hết giá trị sử dụng

Theo khoản 1 Điều 27 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn điện tử sẽ phải hủy khi:

• Doanh nghiệp chấm dứt hoạt động, phá sản, giải thể
• Doanh nghiệp bị cơ quan thuế thông báo hóa đơn không còn giá trị sử dụng
• Hóa đơn điện tử không còn đáp ứng điều kiện pháp lý để tiếp tục sử dụng

Lưu ý: Việc hủy chỉ áp dụng đối với các hóa đơn điện tử chưa lập còn tồn trên hệ thống.

Trường hợp 3: Hủy hóa đơn điện tử đã lập nhưng chưa gửi cho người mua và phát hiện sai sót theo quy định tại Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Nếu người bán phát hiện hóa đơn điện tử đã được cấp mã của cơ quan thuế có sai sót về thông tin (tên, địa chỉ, số tiền, thuế suất…) và chưa gửi cho người mua thì có thể thông báo hủy hóa đơn với cơ quan thuế theo Mẫu 04/SS-HĐĐT. Sau đó lập hóa đơn điện tử mới thay thế để gửi cho người mua

Trong trường hợp này, cơ quan thuế sẽ thực hiện hủy hóa đơn sai sót trên hệ thống. Việc hủy hóa đơn điện tử phải được thực hiện đúng trường hợp, có thông báo với cơ quan thuế và tuân thủ mẫu biểu theo quy định để dữ liệu hóa đơn được quản lý thống nhất, minh bạch và tránh phát sinh rủi ro về thuế cho doanh nghiệp.

Trường hợp 4: Hủy hóa đơn điện tử khi thu tiền trước nhưng dịch vụ bị hủy hoặc chấm dứt

Theo điểm b khoản 1 Điều 7 Thông tư 78/2021/TT-BTC, nếu người bán đã lập hóa đơn điện tử khi thu tiền trước hoặc trong quá trình cung cấp dịch vụ nhưng sau đó phát sinh việc hủy hoặc chấm dứt cung cấp dịch vụ, người bán được phép:

• Hủy hóa đơn điện tử đã lập
• Gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT thông báo cho cơ quan thuế

Những trường hợp không được hủy hóa đơn điện tử (rất quan trọng)

• Hóa đơn đã lập và đã gửi cho người mua
• Hóa đơn đã được kê khai thuế

Các trường hợp này bắt buộc phải xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế, đặc biệt từ 1/6/2025 theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 123).

Do quá trình thao tác nhanh hoặc khi hệ thống gặp sự cố kỹ thuật, xuất trùng hóa đơn điện tử là lỗi có thể xảy ra với bất kỳ doanh nghiệp nào. Từ ngày 1/6, việc xử lý lỗi đã được quy định rõ ràng: doanh nghiệp không được phép hủy hóa đơn hóa đơn điện tử đã được lập và gửi cho người mua. 

Chủ động hiểu và áp dụng đúng quy định để hạn chế rủi ro pháp lý, đảm bảo tính chính xác trong quản lý hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp nên rà soát lại quy trình phát hành hóa đơn và sử dụng hệ thống hóa đơn điện tử ổn định, có cơ chế kiểm soát sai sót ngay từ đầu. Nhanh.vn đã chia sẻ các hướng dẫn cách xử lý khi xuất trùng hóa đơn điện tử từ ngày ⅙, hy vọng các bạn sẽ nắm được thông tin cơ bản để vận hành kinh doanh.

- Các thông tin giải đáp và tư vấn ở trên được chúng tôi cung cấp cho khách hàng của Nhanh.vn. Nếu quý khách có bất kỳ câu hỏi nào hay cần hỗ trợ, vui lòng liên hệ qua email: contact@nhanh.vn  
- Nội dung bài viết này chỉ nhằm mục đích tham khảo thông tin; 
- Xin lưu ý các điều khoản được đề cập có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc.